Чтобы осуществить шифрование данных в Linux, имеет смысл воспользоваться программой LUKS. Она позволяет создать шифрованный контейнер наподобие того, как это делает TrueCrypt в Windows.
Делается это следующим образом:

dd if=/dev/zero of=/root/crypto.img bs=1M count=10000
losetup /dev/loop1 /root/crypto.img
cryptsetup luksFormat /dev/loop1 -c aes-xts-plain64 -s 512
cryptsetup luksOpen /dev/loop1 data
mkfs.ext3 /dev/mapper/data
mkdir /crypto-dir
mount /dev/mapper/data /crypto-dir

Сначала подготавливается криптоконтейнер заданного размера с помощью команды dd. Его размер равняется bs*count.
Далее он связывается с loop device с помощью команды losetup.
Потом командой cryptsetup luksFormat криптоконтейнер форматируется должным образом, тут же вы будете должны придумать и ввести пароль шифрования.
После чего криптоконтейнер открывается командой cryptsetup luksOpen.
Потом нужно произвести установку файловой системы на виртуальное устройство с помощью команды mkfs.ext3.
И в конце концов можно произвести монтирование виртуального устройства в рабочую файловую систему командой mount.
Теперь данные помещенные в смонтированную папку будут зашифрованы.